Комитетът по избиране на целите, които да бъдат подложени на бомбардиране, разположен в Лос Аламос, предлага като възможни цели градовете Киото, Хирошима, Йокохама и арсенала в Кокура. Комитетът отхвърля идеята за използване на ядрени бомби само срещу военни цели, тъй като при сравнително малка цел, която не е обкръжена от обширен населен район, съществува голяма вероятност от пропуск. Психологическият ефект върху населението на Япония бил важен за членовете на комитета. Също така стигат до заключението, че първата използвана бомба трябва да е достатъчна за международното признание на оръжието. Членовете изтъкват, че в Киото (интелектуален център на страната), населението „най-добре ще оцени значението на оръжието“. Хирошима е избрана по-късно като цел, най-вече поради големия брой жители и поради факта, че там са разположени важни военни центрове, а и градът е обкръжен от хълмове, което ще „фокусира“ ефекта от бомбата.
Министърът на отбраната на САЩ Хенри Стимсън зачерква Киото от списъка на целите поради неговото културно значение, въпреки съпротивата на генерал Лесли Гроувс (началник на проекта „Манхатън“). По думите на професор Едуин О. Райшауер, „Стимсън знае и цени Киото от времето на неговия меден месец там, десетилетия по-рано“.
На 25 юли генерал Карл Спаац получава заповед да бомбардира една от следните цели: Хирошима, Кокура, Ниигата или Нагасаки, на дата след 3 август, когато позволяват метеорологичните условия
